Shin Megami Tensei V: Vengeance включает в себя две полноценные сюжетные линии. Новая линия «Канон возмездия» — это драматичная история о мести падших. Оригинальная сюжетная линия «Канон сотворения» повествует о вечной вражде ангелов с демонами, в которой герой борется за судьбу мира.

В Токио случилось убийство. Возвращаясь домой, главный герой решает обойти место происшествия через тоннель, но тот неожиданно обрушивается. Герой приходит в себя уже в ином Токио — пустыне, ныне известной как Да'ат. На мальчика тут же нападают кровожадные демоны, но в последний момент ему на помощь приходит таинственный незнакомец. Объединившись, они превращаются в нахобино.

Обретя новую силу, герой отправляется в путешествие по загадочному миру, населённому множеством мифических богов и жестоких демонов.